人类肠道菌群由1000种细菌组成，大约有100万亿细菌个体，它们时刻影响着宿主的生长发育、繁殖、代谢、免疫，甚至行为，决定宿主的健康。为此，夏皮拉博士引用全息基因组（Hologenome）的概念，即通过人的基因组信息及其共生菌群的基因组信息，来寻找人菌共进化的意义。
1.他举了两个低等生物的例子
蚜虫取食植物汁液，但里面主要是碳水化合物，氨基酸含量很低。蚜虫肠道细菌-布赫纳氏菌，以蚜虫为避护所，同时为蚜虫制造必要的氨基酸，两者形成了互相依赖共生关系并一代一代遗传下来。
乌贼与其共生菌讲述另一个有趣故事。乌贼的腹部有个发光器官，其实它是共生发光弧菌组成的，在夜间产生光，反照鱿鱼的剪影，从而避过捕食者。新孵出的鱿鱼，缺少这种细菌，就被大量捕食了，可见共生关系对乌贼的重要性。
2. 共生菌群对高等动物，特别是人，同样重要。
近年来的研究表明无论是健康长寿，拟或生病（自闭症、过敏、肥胖、糖尿病、高血压、肠癌、精神疾病等等）都与肠道菌群的失调有紧密联系。人体内有一个核心菌群，还有一个可变菌群。核心菌群是从祖先那里经过一代一代地适应、选择而传递下来的，它们的改变可能直接影响宿主健康甚至生存。而可变菌群可以与环境交换，对宿主行为有一定作用，但不是至关重要的。目前市场上应用的益生菌都属于人的核心菌群。肠道菌群分为三类：有益菌（约占25%）、中性菌（约占50%）、有害菌（约占25%）。
益生菌:是一种微生物，是对人体有益的细菌。是一类对宿主有益的活性微生物，是定植于人体肠道、生殖系统内，能产生确切健康功效从而改善宿主微生态平衡、发挥有益作用的活性有益微生物的总称。世界卫生组织WHO定义：益生菌是活的微生物，当补充足够数量时，有助于保护肠道及身体健康。微生物学家说：益生菌有助于延长人类的生命。有医者曾说过：益生菌是最好的药。也有人认为益生菌将开启人类健康的新纪元。
随着对益生菌关于人类健康的研究进步，越来越多的作用被我们发现。益生菌在增强肠道免疫力，预防肠道感染方面发挥着非常重要的作用。近年来，肠道也被认为是人体最大的免疫器官，也就是说只要肠道健康，整个机体的健康就能最大程度的得到保障。因为肠道内缺少益生菌的作用，就会堆积大量肠毒，危害身体健康。
1、什么是肠毒？
肠毒是指未能及时排出肠道，长时间存在于肠道皱折、憩室中的垃圾混合物。
如：氨气、硫化氢、亚硝酸等20余种有害甚至致癌物质的“集合体”。
人体的肠道中有许多皱折、憩室，会积存和残留许多残渣，正常排泄一般很难将长久积存在皱折、憩室内的残渣排出体外。久而久之，这些残渣便依附于肠壁上。由于大肠内的酸碱度和温度对细菌的繁衍极为有利，这些残渣即成为细菌、分解产物的源头，形成危害人体健康的肠内毒素即肠毒。
2、肠毒的危害
说到粪便大家都会觉得很恶心，也有很多人认为粪便就是有毒物质。研究发现，正常粪便中的有害物质约为22种，其中包括硫化氢、氨气、沼气、二氧化碳等有害气体和苯类，吲哚、肉毒杆菌毒素、蕈毒碱、甲酚、丁酸等，以及一些对人体有害的重金属盐类。
这些有毒物质一旦没有及时排出，其中的细菌和分解产物的含量会比粪便更高。人体内每天的代谢垃圾和有害物质，主要通过大肠、皮肤、呼吸道、泌尿道排出。这四大排泄系统任何一方的功能失常，必将加重其他系统的负担，继而诱发这些系统的功能障碍和疾病，产生自体中毒。在这四大排泄系统中，大肠是最重要也是最关键的系统，像文章开篇说的那些问题：肥胖、腹泻、皮肤痤疮、色斑都与大肠排毒功能失调有关。
3、排肠毒的常见误区
常见的清除“肠毒”即积存肠内毒素的产品，绝大多数都含有中西药的泻药成分。如芦荟、番泻叶等等，虽然被标榜为天然产品，这些中药成分实为对结肠刺激性很强的泻药。用久了会造成胃肠功能紊乱，甚至带来肠道癌症隐患。
4、科学清理
适量补充益生菌可以逐渐有效的清除肠内堆积毒素，清除肠毒。
益生菌有很多的有益细菌，比如双歧杆菌、凝结芽孢杆菌以及其他少量的微量细菌。这些有益菌有助于抑制有害细菌在肠内的繁殖，平衡肠道菌群，减少毒素提高肠道机能及恢复肠道正常的PH值，缓解并治疗肠道疾病。每天摄入益生菌，不仅能够遏制肠内有害菌群的产生，还能为肠内有益菌提供良好的生长环境，大大加速有益菌对于肠内“氨物质”的分解排泄，造就健康肠道，提高人体免疫能力。
我们所需的营养，几乎都是靠肠道吸收进入体内的，这些营养物质帮我们建立更为完善的免疫系统，合成免疫物质提高机体的抵抗力。而益生菌主要存在于肠道当中，维护着肠道微生态平衡，是保护肠道的健康卫士。健康肠道才是营养吸收的保障、补充益生菌是做好健康预防的第一步。