人体许多健康问题都是由体内菌群失衡引起的。通过使体内菌群重新达到生态平衡来实现缓解与治疗的目的。比如腹泻、便秘、阴道感染等综合症状；国内外已经经过多年的研究和实践证实使用特定的经临床证实的益生菌可有效地进行治疗。
益生菌又是如何作用于肠道的呢？
首先，不是所有的益生菌都能真正抵达肠道。益生菌从咽喉、气管进入人体后，要先后通过胃酸、胆汁盐的考验，仅有少量具有耐受性的活性益生菌才能抵达肠道内部，双歧杆菌就是其中一种。益生菌抵达肠道后，紧接着，会吸收人体内摄入的糖分、水分、蛋白质等成分来获取能量，共同对抗体内有害菌，有效抑制有害菌繁衍，增加有益菌数量，恢复肠道内菌群平衡，形成抗菌生物屏障，保护肠道家园！
最后，益生菌不仅将附着在肠道内毒素铲除一空，还激活了肠道中沉睡的各种酶，促进肠道功能运动，焕发肠道活力，将日常生活中困扰我们的难题，如便秘、口臭、长痘、肥胖等症状一一攻破。
而这些看似简单的一个过程，却是异常艰辛的征程。因为服用益生菌的改善是一个渐变过程。
通过跟踪检测益生菌服用者体内肠道菌群的变化，临床试验研究表明，如果按疗程(一个疗程12周)服用定量的益生菌，则这些益生菌在人体肠道内有如下的生长变化过程:
竞争期1-4周
在开始服用益生菌的1-4周内，益生菌会和肠道内已经存在的有害菌及中性菌展开竞争，包括竞争营养、竞争生存空间、竞争能在肠道壁上附着的位置。这也是细菌们在肠道里战争的惨烈阶段，赫氏消亡反应也会发生在这一阶段。有害菌死亡时会释放大量毒素和其它代谢产物，抑制益生菌生长及对人体造成不适，益生菌也会释放大量细菌素和各种有机酸来消灭有害菌。双方的死亡量都较大。
优势期4-8周
由于坚持服用益生菌，这相当于在战争中不断补充援军，在4-8周这个阶段，益生菌会逐渐占领上风，这时肠道内的有害菌数量已经低于益生菌，有害菌释放毒素和其它代谢产物的量也被大大减低，同时外来的益生菌也会帮助体内原有的有益菌生长起来，和体内原有的有益菌进行协同作用，维护肠道健康。所以这个时候人体会开始感受到病症的改善。
巩固期8-12周
继续坚持服用益生菌，益生菌和体内原有有益菌一起协同作用，在肠道内的比例越来越高，有害菌的比例越来越低。人体对病症的改善的感觉也可能越来越明显，但这时决不能掉以轻心，因为有害菌的生存力也是极其顽强的。研究显示，大部分肠道有害菌都有较强的耐酸碱性，耐胆汁和酶解的特性。
有些有害菌还会产生孢子(休眠的细菌细胞，但有及厚的特殊细胞壁保护，抗各种恶劣环境能力极强)或生物膜(细菌团体分泌的胞外多糖聚合物保护膜，对细菌有极强的保护作用)，在处于生长劣势时这些有害菌会以孢子及被生物膜保护的休眠状态下继续存活。这样的有害菌即使连抗生素也无能为力，研究显示，只有益生菌这样的生物武器才是目前对付这种有害菌的唯一办法。所以服用益生菌一定至少要坚持到12周（即3个月），使益生菌和体内其它有益菌的优势最大化。
稳定期12周以上
当益生菌和有益菌在体内占有足够优势后，各种益生菌带来的正面效果才会逐渐体现出来。为了巩固这一效果，防止体内的有害菌(有害菌很难被完全杀死，多数处于休眠状态)卷土重来，建议在服用过12周的益生菌之后，可以将益生菌摄入量减到一半(其实不减半对身体只有好处没有坏处，只是多花钱了而已)，用来巩固益生菌的效果。
如果是肠道菌群比较正常的健康人，本身肠道内的有益菌就占上风，那么大部分情况下，第一阶段的竞争期会略过，直接进入第二阶段的优势期。服用的这些益生菌会和肠道内已有的有益菌协同作用，随着坚持服用益生菌至少一个疗程(8-12周)，那么这些益生菌会和体内已有的有益菌一起形成一个肠道健康的坚实堡垒，一旦这个坚实堡垒形成，会对服用者有这样的好处:
1. 抵抗力增强了(减少感冒感染的几率，减少肠胃道感染的几率)；
2. 食物利用率提高，精力充沛；
3. 及时排除体内毒素减缓机体衰老；
4. 配合合理锻炼和饮食更容易减肥；
5. 预防各种慢性病(癌症、糖尿病、冠心病、亚健康、便秘、过敏、慢性炎症及各种慢性疾病)。
一定要坚持服用益生菌
对大多数人来讲，服用益生菌12周以上后开始停用，这一最优化的效果可以维持一段时间，大约半年。但是现代城市人的生活方式、饮食习惯等各种原因，极容易使肠道菌群无法保持最佳状态，一段时间之后，又会回复失调状态，因此需要坚持补充益生菌。
同时，在每年春季温度升高，万物复苏，很多病菌也在这时复活起来)和初冬(流感易爆发的前期)应尽量补充益生菌8-12周，可以增强全身抵抗力，降低各种疾病的发生率。在服用过抗生素后一定要补充合适益生菌12周，在生活习惯和饮食突然改变的状态下(如旅游出差)也应补充相应的益生菌。